Vyhledávání

On-line registrace pro studenty byla ukončena. Kapacita podpořených stáží projektu Otevřená věda Akademie věd ČR 2017 byla vyčerpána, nyní přijímáme přihlášky na nepodpořené stáže a do databáze náhradníků.

Databáze stáží

SŠ/VŠ Kraj Obor

1.201 Prokaryota v zažívacím traktu lenochodů

Biologie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Kateřina Fliegerová
INSTITUCE: Ústav živočišné fyziologie a genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Z trusu lenochodů bude izolována genomická DNA, která bude použita pro studium mikrobiálního složení zažívacího traktu pomocí metod molekulární biologie. Pro studium bakterií a archaeí bude použita DGGE elektroforéza a klonovací knihovna

1.205 Testy biokompatibility materiálů pro biosenzory a mikrofluidní zařízení

Biologie Jihomoravský kraj

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Jan Víteček, Ph.D.
INSTITUCE: Biofyzikální ústav
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Biosenzory a mikrofluidní zařízení nacházejí široké uplatnění v různých odvětvích. Používají se pro účely základního výzkumu, ale i v praktických aplikacích. Biosenzor využívá materiály biologického původu nebo živé buňky či celou tkáň pro stanovení koncentrací různých látek nebo jejich biologického působení. Mikrofluidní zařízení umožňuje manipulaci s kapalinami na submilimetrové úrovni. Lze jej využít pro analytické účely nebo i pro konstrukci modelů pro simulaci a studium chování živých buněk (např. cévní model). Pro konstrukci biosenzorů a mikrofluidních zařízeních je nutné zvolit biokompatibilní materiály nebo musí být jejich biokompatibilita zajištěna vhodnou povrchovou úpravou. Student se v rámci stáže seznámí se základy principů biosenzorů a mikrofluidních zařízení a testů biokompatibility. V praktické části budou provedeny testy biokompatibility vybraných materiálů určených pro biosenzory a mikrofluidní zařízení a aplikovány postupy pro zvyšování jejich biokompatibility prostřednictvím povrchových modifikací. Efektivita povrchových modifikací bude hodnocena pomocí fyzikálně-chemických metod jako například stanovení smáčivost povrchu. Pro stanovení biokompatibility budou využity buněčné kultury (3T3 fibroblasty, apod.).

1.206 Využití konfokální mikroskopie živých buněk pro studium výstavby dělícího vřeténka u savčích oocytů

Biologie Středočeský kraj

LEKTOR STÁŽE: Dávid Drutovič
INSTITUCE: Ústav živočišné fyziologie a genetiky
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Meióza je unikátní typ buněčného dělení, který je u většiny eukaryotických organismů potřebný pro produkci pohlavních buněk. Poruchy v segregaci homologních chromosomů v meióze I u žen mohou narušit integritu genomu v gametách a proto jsou jednou z hlavních molekulárních příčin aneuploidií, které jsou zodpovědné za závažné vrozené vady nebo infertilitu u lidí. Pro normální segregaci chromosomů během meiózy je nezbytná korektní výstavba dělícího vřeténka. Ta je u savčích oocytů synergisticky řízena chromosomy a mnohočetnými mikrotubul-organizující centry (MTOC), které funkčně nahrazují centrozom vyskytující se v somatických buňkách. Přesný molekulární mechanismus regulace výstavby dělicího vřeténka u savčích oocytů není známý. Proto hlavním cílem našeho projektu bude pomocí moderních metod molekulární biologie a kvantitativní konfokální mikroskopie živých buněk s využitím nejmodernějších fluorescenčních prób detailněji objasnit zapojení a nezbytnost vybraných signálních drah pro výstavbu dělícího vřeténka v meióze I a popsat faktory, které ovlivňují tvorbu funkčních pólu dělícího vřeténka z mnohočetných MTOC center. Student si během stáže osvojí izolaci a kultivaci myších oocytů, využití plazmidů pro molekulární klonování, přípravu mRNA kódující fluorescenčně značené proteiny a jejich využití v konfokální mikroskopii živých buněk. Student bude též v rámci projektu seznámen s mikroinjekcí myších oocytů a pokročilými fluorescenčními technikami a bude se podílet na kvantitativní počítačové analýze získaných obrazových dat, čím přispěje k porozumění molekulární signalizace a roly MTOC center během meiózy savčích oocytů.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.013 Vliv oxidačního stresu na struktury proteinů

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Petr Niederhafner
INSTITUCE: Ústav organické chemie a biochemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Stáž je zaměřena na studium změn struktury proteinů následkem oxidačního stresu. K těmto změnám je náchylná například aminokyselina tyrosin. V rámci stáže se budeme zabývat modifikacemi tyrosinu a to 3-nitrotyrosinem a dityrosinem, které v organismu vznikají přirozeně právě následkem oxidačního stresu. Takovéto modifikace mohou způsobit změnu konformace proteinu, do nějž je daná aminokyselina zabudována, a tím ovlivnit jeho biologickou aktivitu. Vyšší výskyt těchto modifikací tyrosinu v proteinech byl potvrzen například u Alzheimerovy choroby, aterosklerózy a dalších neurodegenerativních a kardiovaskulárních chorob. Stážista se bude věnovat syntéze takto modifikovaných peptidů a proteinů a jejich následnému studiu pomocí spektroskopických metod (Ramanova spektroskopie, Ramanova optická aktivita, UV-Vis spektroskopie... ).

2.014 Vliv oxidačního stresu na struktury proteinů

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Petr Niederhafner
INSTITUCE: Ústav organické chemie a biochemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Stáž je zaměřena na studium změn struktury proteinů následkem oxidačního stresu. K těmto změnám je náchylná například aminokyselina tyrosin. V rámci stáže se budeme zabývat modifikacemi tyrosinu a to 3-nitrotyrosinem a dityrosinem, které v organismu vznikají přirozeně právě následkem oxidačního stresu. Takovéto modifikace mohou způsobit změnu konformace proteinu, do nějž je daná aminokyselina zabudována, a tím ovlivnit jeho biologickou aktivitu. Vyšší výskyt těchto modifikací tyrosinu v proteinech byl potvrzen například u Alzheimerovy choroby, aterosklerózy a dalších neurodegenerativních a kardiovaskulárních chorob. Stážista se bude věnovat syntéze takto modifikovaných peptidů a proteinů a jejich následnému studiu pomocí spektroskopických metod (Ramanova spektroskopie, Ramanova optická aktivita, UV-Vis spektroskopie... ).

OBSAZENÁ STÁŽ

2.016 Stanovení biologicky aktivních látek v rostlinných matricích

Chemie Jihomoravský kraj

LEKTOR STÁŽE: Ing. Barbora Hohnová, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav analytické chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Léčivé rostliny a výtažky z nich jsou po staletí využívány k léčení a prevenci různých onemocnění. Přestože je v moderní medicíně nahradily dostupnější a levnější syntetické látky, současným trendem je hledání přírodních zdrojů s vysokým obsahem pro zdraví prospěšných sloučenin a jejich zpracování do různých forem potravinových doplňků nebo kosmetických produktů. Předmětem této stáže je optimalizace extrakčních a separačních podmínek pro stanovení vybraných biologicky aktivních látek (př. polyfenolické sloučeniny, esenciální oleje) v rostlinných matricích. Rostlinné matrice budou extrahovány moderními extrakčními technikami, např. extrakce rozpouštědlem za zvýšené teploty a tlaku (PLE). Látky obsažené v extraktech budou následně separovány a identifikovány vysokoúčinnou kapalinovou chromatografií s UV-Vis detekcí (HPLC-DAD) nebo plynovou chromatografií s hmotnostní detekcí (GC-MS).

OBSAZENÁ STÁŽ

2.017 Stanovení biologicky aktivních látek v rostlinných matricích

Chemie Jihomoravský kraj

LEKTOR STÁŽE: Ing. Barbora Hohnová, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav analytické chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Léčivé rostliny a výtažky z nich jsou po staletí využívány k léčení a prevenci různých onemocnění. Přestože je v moderní medicíně nahradily dostupnější a levnější syntetické látky, současným trendem je hledání přírodních zdrojů s vysokým obsahem pro zdraví prospěšných sloučenin a jejich zpracování do různých forem potravinových doplňků nebo kosmetických produktů. Předmětem této stáže je optimalizace extrakčních a separačních podmínek pro stanovení vybraných biologicky aktivních látek (př. polyfenolické sloučeniny, esenciální oleje) v rostlinných matricích. Rostlinné matrice budou extrahovány moderními extrakčními technikami, např. extrakce rozpouštědlem za zvýšené teploty a tlaku (PLE). Látky obsažené v extraktech budou následně separovány a identifikovány vysokoúčinnou kapalinovou chromatografií s UV-Vis detekcí (HPLC-DAD) nebo plynovou chromatografií s hmotnostní detekcí (GC-MS).

2.027 Vesmír ve zkumavce aneb Metody laboratorní simulace chemických a fyzikálních pochodů v kosmu

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Martin Ferus, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Jak zavřít vesmír do zkumavky? Touhou vědců je vždy studovat jakékoliv děje za přesně kontrolovaných laboratorních podmínek. Problém je, že takto nelze studovat valnou většinu chemických i fyzikálních dějů, které ve vesmíru probíhají v atmosférách hvězd, horkých i studených molekulárních mračnech, na exoplanetách, při dopadu asteroidů a planetesimálů během evoluce raných hvězdných soustav. Existují však experimentální techniky, které ačkoliv jsou od podstaty zmíněných prostředí zcela odlišné, mohou napodobit teplotu, tlak, energii či chemické prostředí panující ve zmíněných systémech. Jedná se např. o velké laserové jiskry, které je možno generovat laserem Asterix, jedním z nejvýkonnějších laserů na světě, elektrické výboje v plynech za nízkých teplot, laserovou ablaci vybraných terčů, fotodisociaci molekulárních paprsků a další techniky. Cílem stáže je si tyto metody osvojit a pracovat na vybraných úkolech zabývajících se zejména chemií mezihvězdných oblaků, základní spektroskopií atmosfér hvězd a simulací dopadů asteroidu do rané planetární atmosféry či dynamiku sestupu meteoroidů. Na toto téma je v případě zájmu možno v naší laboratoři zpracovat také práci SOČ.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.032 Molekulární dynamika

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Jiří Průša
INSTITUCE: Ústav fotoniky a elektroniky
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Poznávání vlastností biomolekul je klíčové pro vývoj nových terapeutických a diagnostických metod v medicíně a biotechnologii. Počítačové simulace molekulové dynamiky nám dovolují nahlédnout pod pokličku biomolekulárních procesů na úrovni jednotlivých atomů. Stážista bude seznámen se základními metodami oboru zvaného molekulární dynamika. Jak tento název napovídá, jedná se o studium dynamiky (vývoje) systémů skládajících se z desítek až tisíců atomů pomocí počítačových simulací. Pro tuto stáž není zapotřebí žádných předchozích znalostí. Důležitý je pouze zájem o dané téma a ochota učit se novým věcem.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.036 Syntéza peptidových konjugátů heterocyklů

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Jaroslav Šebestík
INSTITUCE: Ústav organické chemie a biochemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Heterocyklické sloučeniny představují významné třídy biologicky aktivních látek. V rámci stáže se zaměříme na syntézy stabilních konjugátů peptidů s akridiny jako potenciální inhibitory Alzheimerova onemocnění. Látky budou charakterizovány pomocí běžných analytických metod. A jejich vliv na agregaci Amyloidu beta studován pomocí fluorescenční spektroskopie a mikroskopie.

2.037 Studium biologicky aktivních heterocyklů

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Jaroslav Šebestík
INSTITUCE: Ústav organické chemie a biochemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Heterocyklické sloučeniny představují významné třídy biologicky aktivních látek. V rámci stáže se zaměříme na syntézy deriváty akridinů, které mají potenciál léčit prionové a jiné neurodegenerativní onemocnění. Připravené deriváty budou charakterizovány analytickými metodami jako je kapalinová chromatogrfie, nukleární magnetická rezonance, hmotnostní spektrometrie, fluorescenční spektroskopie, Ramanova spektroskopie a Ramanova Optická Aktivita.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.061 Nanostrukturní fotokatalyzátory pro degradaci environmentálních polutantů

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Jiří Rathouský, CSc.
INSTITUCE: Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Stážista se bude podílet na vývoji pokročilých fotokatalyzátorů na bázi polovodičových oxidů a uhlíkových nanostruktur (grafen, uhlíkové nanotrubičky). Vyvinuté fotokatalyzátory budou detailně charakterizovány fyzikálně-chemickými metodami a jejich fotokatalytická aktivita bude testována ve dvou reakcích, významných z hlediska ochrany životního prostředí - odstraňování oxidů dusíku ze vzduchu a chlorovaných fenolů z vodných roztoků. Na základě získaných výsledků stážista může sepsat práci vhodnou pro studentské odborné konference.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.064 Optimalizace konstrukce plazmového atomizátoru s dielektrickou bariérou pro metody atomové spektrometrie

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Jan Kratzer, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav analytické chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Plazmový atomizátor s dielektrickou bariérou a planárním uspořádáním kompaktních kovových elektrod lze úspěšně použít pro atomizaci hydridotvorných prvků (např. As, Se, Sb, Bi, Pb a Sn) s detekcí pomocí atomové absorpční spektrometrie (AAS). Principem metody je převedení analytu z kapalné fáze na plynný hydrid chemickou reakcí a následné rozložení hydridu na volné atomy (atomizace) ve vhodném zařízení. Tímto postupem lze oddělit stanovovaný prvek od rušivých složek matrice vzorku a velmi účinně jej zavádět do detektoru. Díky tomu lze vybrané prvky stanovovat na koncentračních úrovních desetin pg/ml. Při detekci atomovou fluorescenční spektrometrií (AFS) je nutná detekce signálu ve směru kolmém na excitující paprsek, zatímco v AAS probíhá detekce ve směru rovnoběžném s paprskem ze zdroje. Z tohoto důvodu je nutné změnit konstrukci planárního DBD atomizátoru tak, aby jeho elektrody propouštěly fluorescenční záření. Budou testovány různé konstrukce planárních DBD atomizátorů s kovovými mřížkovými elektrodami či vodivými vrstvami z transparentních materiálů (ITO) a posuzována jejich vhodnost pro stanovení hydridotvorných prvků s AFS detekcí. Nejprve bude ověřena účinnost atomizace hydridotvorných prvků v testovaných konstrukcích a porovnána s planární konstrukcí DBD atomizátoru s kompaktními kovovými elektrodami s použitím AAS jako detektoru. Bude provedena charakteristika plazmatu pomocí emisní spektrometrie. Nejlepší konstrukce DBD budou následně testovány ve spojení s AFS detektorem.

2.065 Praktické využití plazmového atomizátoru s dielektrickou bariérou pro stanovení stopových koncentrací cínu metodou HG-DB

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Jan Kratzer, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav analytické chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Naše pracoviště se dlouhodobě zabývá stanovením (ultra)stopových koncentrací tzv. hydridotvorných prvků (např. As, Se, Sb, Bi, Pb a Sn) pomocí atomové absorpční spektrometrie (AAS). Principem metody je převedení analytu z kapalné fáze na plynný hydrid chemickou reakcí a následné rozložení hydridu na volné atomy (atomizace) ve vhodném zařízení. Výhodou techniky generování hydridů je oddělení stanovovaného prvku od rušivých složek matrice vzorku a dále účinnost dávkování analytu do detektoru blížící se 100 %. Díky tomu lze vybrané prvky stanovovat na koncentračních úrovních desetin pg/ml. Pro atomizaci hydridotvorných prvků v AAS se používají téměř výhradně vyhřívané křemenné atomizátory vyhřívané na 900 °C. V posledních letech však byl popsán i plazmový atomizátor pracující na principu výboje s dielektrickou bariérou (DBD). Ačkoli bylo dosaženo slibných výsledků, dosud nebylo provedeno srovnání s křemenným atomizátorem, ani vysvětlen mechanismus dějů probíhajících v DBD. Tématem práce je optimalizace podmínek atomizace hydridu cínu pro stanovení metodou AAS s použitím nového plazmového DBD atomizátoru. Bude studován vliv typu plazmového plynu a jeho průtoku i výkon DBD plazmatu na odezvu. Následně bude provedeno porovnání DBD plazmového atomizátoru s běžně používaným externě vyhřívaným křemenným atomizátorem. Budou srovnány základní analytické charakteristiky obou atomizátorů (lineární dynamický rozsah, detekční limity, interference, atd.). Použitelnost DBD atomizátoru bude ověřena stanovením cínu v reálných vzorcích a certifikovaných referenčních materiálech.

2.067 Iontové kapaliny pro biosensoring

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Jaroslav Žádný, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav chemických procesů
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Iontové kapaliny vykazují dobrou kompatibilitu s biomolekulami a dokonce s buňkami. Aplikace iontových kapalin založených na struktuře helicenů našla již své uplatnění například v konstrukci senzorů vlhkosti, proto se jeví vhodným použít tyto látky také v elektrochemických senzorech, využitelných v nejrůznějších oblastech chemického výzkumu. Jejich rozpoznávací systém je založen na převodu chemické odpovědi na elektrický signál. Za tímto účelem byly navrženy nové deriváty imidazolia a v rámci této stáže bude studován způsob jejich přípravy.

2.068 Studium chování molekul pomocí počítačových simulací

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Doc. Mgr. Michal Straka, PhD
INSTITUCE: Ústav organické chemie a biochemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Počítačové simulace nanomateriálů a jejich vlastností. Studium exotických sloučenin uzavřených ve fullerenové kleci.

2.069 Příprava biodegradabilních nanovlákenných membrán pro kultivaci buněk v tkáňovém inženýrství

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Ing. Hana Studenovská, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav makromolekulární chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Cílem projektu je prozkoumat možnosti tvorby vlákenné membrány pomocí techniky elektrostatického zvlákňování pro aplikaci v tkáňovém inženýrství sítnice oka. Vlákenná membrána by osídlujícím buňkám měla poskytnout dočasnou oporu, měla by být porézní a dostatečně propustná pro kultivační média. Nanovlákenné membrány budou připraveny z biodegradovatelných polymerů, jako např. polylaktidu nebo syntetických polyaminokyselin.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.073 Studium konformačných změn proteinů pomocí spektroskopických metod

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: Mgr. Monika Krupová
INSTITUCE: Ústav organické chemie a biochemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Prostorová struktura proteinů (konformace) a její změny jsou klíčové pro jejich fyziologickou funkci. Tyto parametry se dají výhodně studovat pomocí spektroskopických metod. V projektu se zaměříme na modelové proteiny, jejichž konformační změny souvisejí s neurodegenerativními nemocemi (např. Alzheimer, Parkinson a prionové encefalopatie) a budeme je studovat pomocí spektroskopie využívajících kruhově polarizované světlo. Vizualizace bude zajištěna pomocí elektronové a fluorescenční mikroskopie.

OBSAZENÁ STÁŽ

2.075 Stanovení kadmia atomovou absorpční spektrometrií s generováním hydridů (HG-AAS)

Chemie Hlavní město Praha

LEKTOR STÁŽE: RNDr. Jan Kratzer, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav analytické chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Kadmium patří mezi významné polutanty, které je třeba stanovovat na stopových koncentračních úrovních. Lze jej technikou chemického generování převést na těkavou sloučeninu, pravděpodobně hydrid a následně atomizovat ve vyhřívaném křemenném atomizátoru s detekcí atomovou absorpční spektrometrií (HG-AAS). Tématem práce je optimalizace podmínek generování a atomizace kadmia pro jeho HG-AAS stanovení, odhad účinnosti těchto procesů i experimenty vedoucí k objasnění struktury generované těkavé sloučeniny, jelikož v literatuře existuje kolem této problematiky celá řada rozporů.

2.079 Identifikace mikroorganismů pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie

Chemie Jihomoravský kraj

LEKTOR STÁŽE: Ing. Jiří Šalplachta, Ph.D.
INSTITUCE: Ústav analytické chemie
DOBA TRVÁNÍ: 10 měsíců
ANOTACE: Rychlá a přesná identifikace mikroorganismů je jedním ze základních úkolů současné mikrobiologie. Typickým příkladem je klinická mikrobiologie, kde včasná a přesná diagnostika umožňuje efektivní léčbu. Detekce a identifikace mikroorganismů je důležitá i v dalších oborech lidské činnosti, např. v potravinářském průmyslu, zemědělství, detekce kontaminace vody nebo půdy. MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie je v současnosti stále častěji využívána pro identifikaci různých mikroorganismů. Pomocí této techniky se analýzou celých buněk, resp. buněčných extraktů, získají hmotnostní spektra proteinů a peptidů, která jsou charakteristická pro dané mikroorganismy. Jednotlivé proteiny a peptidy tedy představují specifické biomarkery, jež mohou být využity jak pro přímou identifikaci mikroorganismů (až na úrovni poddruhů), tak i např. pro screening patogenních mikroorganismů. Náplní stáže bude identifikace mikroorganismů pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie, případně v kombinaci s vhodnou separační technikou. Práce bude zahrnovat přípravu vzorků se zaměřením na reálné vzorky, analýzu vzorků, vyhodnocení a interpretace naměřených dat.

OBSAZENÁ STÁŽ